随着叛军主力在杭州和金陵两地的战败，江南地区已不再有大规模的叛军存在。尽管各地仍有零星的乱匪等待剿灭，但大规模的战事已经停止。
随着战争的结束，开始进入清算阶段。首先，与李家有关联的各方势力，包括姻亲在内，所有相关人员均被左御史借助贾赦之手全部抓获。与此同时，朝廷派遣的督察院御史们也加快速度赶到浙江。此外，忠顺王还亲自率领五成兵马司中的缉拿高手前来浙江。他们此次行动的目的就是要缉拿李家的长孙——叛军首领李勇。
不过这一切同吴飞宇没有关系了，大战结束后，天成军除会留下温安部三千人坐镇江苏，杨封部三千人坐镇浙江外，董子鄂会率军两万回东北坐镇，剩余天成军将跟随吴飞宇继续坐镇江南。
吴飞宇望着历经战火洗礼后满目疮痍的江南大地，心中满是忧虑与责任。他深知，恢复民生乃是当务之急。他首先下令减免赋税，减轻百姓的负担，让他们能够有喘息之机。同时，他积极组织人力修缮水利设施，确保农田灌溉，鼓励百姓重新开垦荒芜的田地。为了促进商贸活动的恢复，他下令降低商税，并派遣专人维护市场秩序，打击不法商贩。
然而，在战后江南无主田地的分配问题上，吴飞宇遇到了重重困难。江南各族之间因为利益冲突，纷纷争夺这些无主田地。一些大族凭借着家族的势力和财富，试图霸占更多的田地；而一些普通百姓则担心自己的权益得不到保障，情绪激动。吴飞宇一方面努力安抚各族百姓的情绪，承诺会公平公正地进行分配；另一方面，他深入调查各族的人口、土地占有情况以及实际需求，制定出详细合理的分配方案。
为了化解江南各族之间在无主田地分配上的冲突，吴飞宇采取了以下措施：
首先，他深入调查各族的人口、土地占有情况以及实际需求，全面了解各方的状况，为公平分配提供依据。
其次，努力安抚各族百姓的情绪。他向各族承诺会公平公正地进行分配，让大家感受到他的决心和诚意，缓解紧张对立的情绪。
然后，坚决惩治贪污受贿的官员，防止他们在田地分配中谋取私利，保证分配过程的公正性。
在制定分配方案时，吴飞宇充分考虑到江南地区有发展经济的优越自然条件，以及大量北方人口南迁带来的劳动力和技术等因素。他依据详细的调查结果，制定出合理的分配方案，确保各族都能得到相应的田地。
在分配过程中，吴飞宇还亲自深入到百姓中间，倾听他们的声音，耐心解释分配方案的合理性和公正性，消除百姓的疑虑。对于一些大族的阻挠和不合理要求，他坚决予以回绝，并晓之以理，强调公平分配对江南地区整体发展的重要性。
最终，吴飞宇成功地完成了无主田地的分配，使得百姓们得到了应有的土地，江南地区的农业生产得以逐渐恢复和发展。他的公正和坚毅赢得了百姓的尊敬和爱戴，也为江南地区的长治久安奠定了基础。
吴飞宇在江南的所作所为，不可避免地得罪了江南幸存的家族。这些家族原本只是些二流家族罢了，但随着战争过去，原本的大家族被清算，这些家族自然而然地水涨船高。他们自己也认为官府想要快速安定江南，离不开他们的支持。因此，在分配田地的事情上，他们不断给吴飞宇制造麻烦。然而，吴飞宇却选择无视他们的行为，坚持平均分配。这让这些家族感到十分愤怒和羞辱。
这些家族认为自己的利益受到了严重侵犯，于是决定采取行动来报复吴飞宇。他们纷纷动用家族在京城的关系，通过各种渠道向朝廷上书，疯狂弹劾吴飞宇。这些弹劾信如雪片般飞往京城，使得朝廷对吴飞宇产生了极大的关注和压力。
与此同时，这些家族还利用自己在地方上的势力，四处散播谣言，诋毁吴飞宇的声誉。他们声称吴飞宇在江南地区滥用权力、贪污受贿，并以权谋私等。这些谣言迅速传遍整个江南地区，甚至传到了其他省份，对吴飞宇造成了极大的负面影响。
吴飞宇在得知这些家族的所作所为后，怒不可遏，双眉紧蹙，在书房中来回踱步。“这些家族简直无法无天，为了一己私利，竟敢如此胡作非为！”他气愤地说道。
身旁的毛隆拱手道：“将军，此事该如何处置？”
吴飞宇停下脚步，眼神坚定，“若不采取雷霆手段，江南的稳定与发展将遥遥无期。传我命令，命天成军围困为首的几家！”
“是！”毛隆领命而去。
天成军迅速行动，如疾风般冲向那几家宅邸。士兵们手持兵器，将宅邸围得水泄不通，气氛紧张到了极点。
吴飞宇亲自带人进入其中一家，那家的家主惊慌失措地迎了出来，颤抖着说道：“将军，这是何意啊？”
吴飞宇怒目而视，“哼！你自己做的好事，还不清楚？有人举报你们与叛军有接触，今日便要彻查！”
那家主强装镇定，“将军，这定是诬陷，我们忠心耿耿，绝无此事啊！”
吴飞宇冷笑一声，“有没有，查了便知！给我搜！”
士兵们迅速冲进各个房间，翻箱倒柜。不一会儿，一名士兵跑来禀报：“将军，发现了一间密室！”
吴飞宇带人来到密室，只见里面堆满了金银财宝，还有不少与叛军往来的信件。
吴飞宇拿起一封信件，看向那家主，“这你如何解释？”
那家主顿时瘫倒在地，面如死灰。
吴飞宇将这些证据公之于众，百姓们纷纷围了过来。“大家看看，这就是他们的罪行！”吴飞宇大声说道。
百姓们愤怒不已，“这种人就该严惩！”“多亏了将军啊！”
其他那些试图闹事的家族听闻此事，个个吓得胆战心惊。家族中的长辈们聚在一起商量。
“这可如何是好？没想到吴飞宇如此果断狠辣！”
“还是别再轻举妄动了，否则我们也会落得这般下场！”
吴飞宇趁此机会，再次重申了田地分配的公平原则，“各位乡亲，田地分配乃是为了江南的长远发展，公平公正，绝不容许任何人破坏！若再敢有人心怀不轨，定不轻饶！”
经过这一番整治，江南的局势终于稳定下来。田地分配得以顺利进行，百姓们开始安心耕种，江南逐渐恢复往日的繁荣景象。而吴飞宇的威名也在江南地区深深扎根，成为了维护正义与和平的象征。
吴飞宇在江南的所作所为自然是被人传回了京城，此举非议颇多，有人斥责吴飞宇滥用权利，以莫须有的罪名，清除异己；但也有人认为吴飞宇做得好，大齐兼并日益严重，如果现在不还田于民，以后就更没机会了。而首辅季东阳则是公开支持吴飞宇的主要人物之一。
“此次镇军侯所为，与新政有异曲同工之妙啊！责令户部，立刻派人前往江南清查田亩、人口，这可是个绝佳的时机。”季东阳在内阁会议上罕见地露出兴奋的神色，激动地说道。
“不错，如今江南各世家不是被叛军杀得所剩无几，就是慑于镇军侯的威严不敢妄动。只要我们能得到镇军侯的支持，江南清查田亩一事，必然能够顺利进行！”另一名官员附和道。
“不错，老夫这就给镇军侯去信，请求他全力协助此事！”季东阳立刻伏案执笔，开始写信。
吴飞宇收到季东阳的信后，深知此事关乎国之根本、民之生计，立即召集手下亲信于营帐之中商议对策。
“诸位，季首辅的信已至，清查江南田亩乃是造福百姓、稳固大齐根基之举，吾等定当全力以赴。此事意义重大，切不可有丝毫懈怠。”吴飞宇神色坚定，目光炯炯，扫视着在场的每一位将领。
手下将领纷纷拱手，齐声说道：“愿听侯爷差遣！赴汤蹈火，在所不辞！”
其中一位将领站出来说道：“侯爷，此次清查想必困难重重，那些江南世家可不会轻易让咱们得逞。”
吴飞宇点点头，沉声道：“本侯心中有数，他们定会百般阻挠，但我们绝不能退缩。”
吴飞宇当即开始部署兵力。他首先派出数支训练有素的精锐小队，每队皆由一名身经百战的校尉带领，协助户部官员深入江南各地的村落。这些小队不仅要保护户部官员的安全，还要随时应对可能出现的突发状况。同时，他亲自率领大军在江南的交通要道和关键区域巡逻，以强大的军威威慑那些妄图暗中破坏清查的不法之徒。
在清查过程中，那些江南世家大族果然不肯轻易就范，使出各种手段进行阻挠和刁难。他们先是暗中贿赂负责清查的官员，企图让清查工作不了了之。当这一阴谋被吴飞宇察觉后，他立即下令将那些受贿官员严惩，以正视听。
一名被抓的受贿官员求饶道：“侯爷饶命啊，是小人一时糊涂，被那世家的钱财迷了心窍。”
吴飞宇怒喝道：“身为朝廷官员，你竟敢贪赃枉法，辜负朝廷和百姓的信任，饶你不得！”
见贿赂不成，世家大族们又煽动家族中的佃户和奴仆，聚众闹事，扰乱清查工作的正常进行。吴飞宇毫不退缩，亲自带领士兵前往闹事地点，以强硬手段镇压骚乱。
闹事人群中有人喊道：“我们只是为了生存，不能让他们夺走我们的土地！”
吴飞宇高声回应：“此次清查并非夺走你们的土地，而是让土地分配更为公平，让每个人都能有田可种，有粮可收！”
“吾奉朝廷之命清查田亩，乃是为了还百姓公道，让土地得以合理分配。尔等若敢违抗，便是与朝廷作对，与百姓为敌！”吴飞宇声如洪钟，话语掷地有声，吓得那些闹事之人面面相觑，不敢再肆意妄为。
然而，世家大族并未就此罢休。他们联合起来，雇佣了一批江湖杀手，企图暗杀负责清查的主要官员。吴飞宇早有防备，在官员的周围布置了严密的防卫。当杀手们出现时，被吴飞宇设下的埋伏一举擒获。
一名杀手被擒后喊道：“要杀要剐随你便，我们也是奉命行事！”
吴飞宇怒目而视：“奉谁的命？背后指使之人休想逃脱！”
面对世家大族的一次次挑衅和破坏，吴飞宇始终保持着冷静和果断。他一方面加强对世家大族的监控和打压，另一方面积极安抚百姓，向他们宣传清查田亩的好处和政策。
在与百姓交流时，一位老者说道：“侯爷，我们真能得到公平吗？”
吴飞宇诚恳地回答：“老人家放心，本侯定不辜负大家的期望。”
在吴飞宇的坚定决心和有力措施下，世家大族的嚣张气焰逐渐被扑灭，清查工作得以顺利推进。
在即将大功告成之际，一股神秘的势力暗中煽动不明真相的百姓，制造混乱，企图破坏清查成果。吴飞宇敏锐地察觉到了这一阴谋，迅速展开调查。他派出精明能干的探子，深入民间搜集情报，终于发现这股神秘势力原来是一个与江南世家有着千丝万缕联系的江湖组织。这个组织长期受世家大族的资助，为他们干着各种见不得人的勾当。
吴飞宇果断出击，亲率大军围剿这个江湖组织的巢穴。经过一番激烈的战斗，将其一网打尽，彻底消除了隐患。
经过数月的艰苦努力，江南田亩清查工作终于圆满完成。每一块田亩的归属都被详细记录，每一户人口都得到了准确登记。吴飞宇也因此得到了百姓的衷心拥护和朝廷的高度嘉奖，为大齐的繁荣稳定立下了不朽的功勋。